Secret File

Pada 9 Mei 2008, Partai Gerindra menyatakan keinginannya untuk mencalonkan Prabowo menjadi calon presiden pada Pemilu 2009 saat mereka menyerahkan berkas pendaftaran untuk ikut Pemilu 2009 pada KPU  Namun, setelah proses tawar menawar yang alot, akhirnya Prabowo bersedia menjadi calon wakil presiden Megawati Soekarnoputri. Prabowo dan Megawati menandantangani Perjanjian Batu Tulis, yang menyatakan bahwa:

Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan dan Partai Gerindra mencalonkan Megawati sebagai calon presiden dan Prabowo sebagai calon presiden dalam pemilu 2009

Prabowo diduga kuat mendalangi kerusuhan Mei 1998,  Prabowo mengklaim bahwa tuduhan tersebut tidak berdasar. Prabowo mengaku sadar bahwa menghancurkan Tionghoa di Indonesia dapat merugikan Indonesia sendiri. Ia juga menyayangkan Menko Polkam Feisal Tanjung dan Panglima ABRI Wiranto yang menurutnya konsisten menyangkal tuduhan bahwa perintah membuat kerusuhan berasal langsung dari mereka atau Soeharto sebagai Panglima Tinggi. Prabowo meyakini bahwa perintah tersebut tidak dalam satu rangkaian komando karena atasannya senang bekerja secara melompat-lompat dalam berbagai tingkatan. Ia memastikan bahwa dirinya tidak pernah memperoleh perintah menyiksa orang. Pembelaan lebih lanjut dari pihak Prabowo adalah dia hanya menjalankan tugasnya sebagai Pangkostrad atas permintaan Panglima Kodam Jaya waktu itu yang mendapat perintah dari Mabes ABRI. Pada waktu itu permintaan Prabowo agar ia difasilitasi pesawat Hercules juga ditolak, sehingga ia terpaksa menggunakan Garuda dan Mandala atas biaya sendiri.

Sementara terkait penembakan mahasiswa dalam peristiwa Trisakti, hasil uji balistik di Belfast, Irlandia Utara, memperlihatkan bahwa peluru tersebut berasal dari senjata milik Gegana, Polri, bukan tipe senjata yang digunakan oleh TNI. Penembakan itu juga tidak mungkin dilakukan oleh sniper karena peluru yang digunakan jenis kaliber 5,56mm, sementara senjata sniper berkaliber 7mm ke atas. Target penembakan juga acak, berbeda dengan pola penembakan sniper yang akan memilih pemimpin demonstrasi atau sasaran strategis tertentu. 

Wiranto melaporkan kepada B.J. Habibie bahwa telah terjadi pergerakan pasukan Kostrad menuju Jakarta dan konsentrasi pasukan di kediaman Presiden B.J. Habibie tanpa sepengetahuan dirinya sebagai Panglima ABRI. Pergerakan pasukan tersebut diduga sebagai upaya kudeta dan oleh karena itu atas instruksi Presiden Habibie, Prabowo diberhentikan sebagai Panglima Kostrad. 

Di siang hari pada tanggal yang sama, Prabowo dihubungi Markas Besar Angkatan Darat perihal pemberhentiannya sebagai Panglima Kostrad. Prabowo langsung menghadap Presiden B.J. Habibie di istana untuk mendapat kepastian pemberhentiannya. Presiden B.J. Habibie mengatakan bahwa pemberhentiannya adalah permintaan langsung dari Soeharto dan ia akan ditunjuk sebagai Duta Besar untuk Amerika Serikat.

Sore harinya Prabowo menyerahkan jabatan Panglima Kostrad kepada Pangdiv I Kostrad Mayjen Johny Lumintang. Prabowo yakin ia bisa saja melancarkan kudeta pada hari-hari kerusuhan pada bulan Mei itu. Tetapi yang penting baginya ia tidak melakukannya. “Keputusan mempercepat pensiun saya adalah sah,” ujarnya.

 “Saya tahu, banyak di antara prajurit saya akan melakukan apa yang saya perintahkan. Tetapi saya tidak mau mereka mati berjuang demi jabatan saya. Saya ingin menunjukkan bahwa saya menempatkan kebaikan bagi negeri saya dan rakyat di atas posisi saya sendiri. Saya adalah seorang prajurit yang setia. Setia kepada negara, setia kepada republik "

 Setelah Mei 1998, ia terbang ke Amman, Yordania Ia mendapat status kewarganegaraan dari Abdullah II. Pangeran Abdullah II yang kemudian pada 1999 menjadi Raja Yordania adalah kawan Prabowo di sekolah militer. Prabowo kembali ke Indonesia pada November 2001.

sepak terjang Prabowo di tanah air tidak lepas dari keturuanan yang merupakan pejuang tanah air , diataranya Kapten Anumerta Soebianto Djojohadikusumo (lahir 1923 - meninggal di Lengkong, Serpong, Tangerang Selatan, Banten, 25 Januari 1946) adalah perwira Tentara Republik Indonesia (TRI), pahlawan nasional yang gugur dalam Pertempuran Lengkong, Serpong - Tangerang Selatan bersama dengan 34 orang lainnya diantaranya Mayor Daan Mogot. Soebianto Djojohadikusumo adalah anak dari Raden Mas Margono Djojohadikusumo juga merupakan paman kandung dari Letnan Jenderal (Purn) Prabowo Subianto.